De grootschalige verbouwing van het Binnenhof mag doorgaan, zo heeft de rechtbank in Den Haag bepaald. Milieuorganisatie MOB (Mobilisation for the Environment) had bezwaar gemaakt vanwege de stikstofuitstoot en stelde dat de overheid haar eigen regels overtrad. De rechter vernietigde weliswaar de oorspronkelijke natuurvergunning wegens gebrekkige motivatie, maar omdat die motivatie later alsnog werd gegeven, blijven de gevolgen van de vergunning geldig.
Tijdens de rechtszaak werd alsnog een passende beoordeling van de natuureffecten uitgevoerd. Uit dit onderzoek, uitgevoerd door externe deskundigen in opdracht van het Rijksvastgoedbedrijf, bleek dat de nabijgelegen Natura 2000-gebieden niet worden aangetast door het bouwproject of het latere gebruik van het Binnenhof.
Aan het begin van de renovatie gold nog een bouwvrijstelling voor stikstofuitstoot, maar deze werd eind 2022 door de Raad van State ongeldig verklaard. Eind 2024 werden de stikstofregels bovendien verder aangescherpt.