De vergunning
Het gemeentebestuur van Delft verleende in maart 2015 een omgevingsvergunning aan de Protestantse Gemeente Delft voor de bouw van twee kelders onder de Nieuwe Kerk. De eerste kelder komt gedeeltelijk buiten de Nieuwe Kerk te liggen en zal worden gebruikt als multifunctionele ontvangstruimte met een keuken, bergruimte, sanitaire voorzieningen en enkele zalen. De tweede kelder is een uitbreiding van de grafkelder en ligt binnen de Nieuwe Kerk.
Bezwaren
De Oudheidkundige Werkgemeenschap Delft en AWN, vereniging van vrijwilligers in de archeologie, verzetten zich tegen de vergunning voor de ontvangstruimte. Zij hebben geen bezwaar tegen de uitbreiding van de grafkelder. De organisaties voeren aan dat door de bouwwerkzaamheden ruim 2.000 menselijke overblijfselen zonder archeologisch onderzoek en documentatie worden geruimd. Het archeologische onderzoek dat wel wordt gedaan is volgens hen te beperkt. Er zou alleen gekeken zijn naar het belang van de Protestantse Kerk en er zou om die reden bezuinigd zijn op het benodigde archeologische onderzoek. Verder zijn de organisaties bang dat de bouwwerkzaamheden de middeleeuwse fundering van de kerk zullen aantasten. De rechtbank Den Haag verklaarde in februari 2016 hun bezwaren ongegrond.
Beslissingsruimte
Naar het oordeel van de Afdeling bestuursrechtspraak heeft het gemeentebestuur van Delft beslissingsruimte bij het verlenen van deze omgevingsvergunning. Dat betekent dat de bestuursrechter slechts kan toetsen of het gemeentebestuur de omgevingsvergunning in redelijkheid heeft kunnen verlenen. Naar het oordeel van de Afdeling bestuursrechtspraak kan de omgevingsvergunning die toets doorstaan. Het gemeentebestuur heeft de archeologische waarden voorafgaand aan de vergunningverlening onderkend. In de kelder zal onderzoek worden gedaan naar de sporen en structuren van het kerkgebouw en de bewoning. Ook zullen de niet-onderzochte stoffelijke resten worden herbegraven. Daarnaast heeft het gemeentebestuur in zijn afweging volgens de Afdeling bestuursrechtspraak “een zwaarwegend belang kunnen hechten aan het belang en het behoud van de Nieuwe kerk als nationale en internationale toeristische trekpleister voor de gemeente Delft”.